Créé au printemps 1942 à Paris, ce mouvement est issu de la section juive de la Main d’œuvre immigrée que dirige Adam Rayski depuis l’été 1941. Parmi les cadres du mouvement on trouve Léon Chertok, Simon Cukier, Jeanne Arrager-Oguz, Lili Berger-Gronowski ou encore Adam Rayski.
L’organisation si elle est principalement implantée en zone nord, s’implante également en zone sud dans la région lyonnaise, dans les villes de Toulouse, Marseille et Nice.
Via deux journaux clandestins, J’accuse et Fraternité, le MNCR alerte l’opinion publique sur l’antisémitisme et ses dangers, les persécutions, les déportations et les exécutions massives à l’Est.
Grâce aux liens tissés dans les milieux protestants et catholiques, et grâce au mouvement de solidarité des non-juifs ainsi suscité à l’égard des persécutés, le MNCR organise le sauvetage d’enfants et de familles juives. Léon Chertok est l’un des responsables de cette mission. Avec la complicité d'Eva Fradin, originaire du petit village du Noirvault dans les Deux-Sèvres, il orchestre le sauvetage de 7 enfants vers ce village.
À la Libération, le Mouvement National Contre le Racisme ouvre des maisons d’accueil pour les enfants Juifs, pour beaucoup, orphelins.